果蝇体型微小，体长通常在1.5-4毫米之间，体色以黄褐色为主，部分种类呈黑色。其头部显著特征为一对硕大的红色复眼，几乎占据整个头部，复眼内侧有三对眼缘刚毛，触角呈羽状分枝，第三节为椭圆形或圆形。胸部细长，前翅透明且具淡褐色斑纹，后翅退化为平衡棒，足部细长，胫节末端具端前鬃。腹部由多节组成，雌性腹部末端具骨化较弱的产卵器，雄性腹部第6+7气门位于第6背板腹缘附近。果蝇的卵呈白色椭圆形，表面具丝状突起；幼虫为蛆型，头节退化，体分12节，每节具微小钩形突；蛹为围蛹，呈圆筒形，前气门和后瘤突发达。成虫以舐吸式口器
